Nach Digimon Frontier hatten die Digimon lange Zeit Sendepause. Jetzt sind sie wieder da: mit härteren Kämpfen, mächtigeren Digimon und noch cooleren Helden.
Die Digi-Helden sind erwachsener geworden. Aber auch weiser? Na ja! Nicht wirklich! Schon in der ersten Folge macht ihr Bekanntschaft mit dem "selbstbewussten" Marcus Damon. Er nennt sich selbst den weltbesten Straßenkämpfer (und untertreibt dabei wahrscheinlich seiner Meinung nach noch).
Eines Tages trifft er ein Agumon und, temperamentvoll wie er ist, zettelt er gleich einen kleinen Faustkampf mit dem Digimon an. Die beiden prügeln sich auf offener Straße. Natürlich bleibt das nicht unentdeckt: die geheime Organisation DATS taucht schon nach wenigen Minuten auf, um den Fight unter Kontrolle zu bringen.
Die DATS kümmert sich in erster Linie darum, die Menschen vor den Digimon zu schützen, wenn sie der Digi-Welt entfliehen - denn nicht alle Digimon sind friedlich. Sie haben aber noch ein zweites, weitaus größeres Ziel: Sie möchten die Harmonie zwischen der menschlichen und der Digi-Welt bewahren.
Eines der Mitglieder von DATS ist Yoshino, mit der sich Marcus schnell anfreundet und einwilligt, bei der Abwehr von Digimon in der realen Welt mitzuhelfen. Auch der clevere Digimon-Fan Thomas stößt schnell zur Truppe. Zum Glück, denn böse Digimon bedrohen die Stadt ...
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